Par la suite, la frénésie des voyages le reprend, et il continue de travailler avec acharnement. Toutefois, depuis quelques années, on remarque de plus en plus sa voix chevrotante et sa main tremblante, séquelles de l'attentat qui a causé du tort à son système nerveux central. En 1992, il doit encore subir une chirurgie, cette fois pour une tumeur à l'intestin. Puis il est hospitalisé de nouveau pour une luxation de l'épaule droite et, en 1994, pour une fracture du fémur. Désormais tenu de porter une prothèse, le souverain pontife a une démarche claudicante qui inquiète.

Le Saint-Père vieillit inexorablement et il doit renoncer un certain temps, à ses nombreux déplacements. On le voit même, plus d'une fois, se déplacer à l'aide d'une canne. Il doit aussi renoncer à embrasser le sol du pays qui l'accueille, de peur de ne pouvoir se relever une fois agenouillé.

Le 25 décembre 1995, la foule rassemblée pour la bénédiction de Noël sur la place Saint-Pierre est abasourdie. Le Saint-Père, pris d'un malaise, est obligé d'interrompre sa bénédiction en français. C'est ce même malaise qui, la veille, l'avait empêché de célébrer la traditionnelle Messe de minuit.

Dès son élection, les médias, une fois revenus de leur surprise, saluent ce nouveau pape qui se révèle plein de promesses. Un préjugé favorable lui est acquis. En quelques jours, les manchettes des journaux en font, en quelque sorte, une superstar. Il profite de cette notoriété pour faire passer des messages de paix et défendre certaines causes.

En Pologne, les réactions sont indescriptibles, c'est le délire. Les cloches de toutes les églises saluent cet enfant du pays accédant à la magistrature suprême. Les fidèles envahissent les rues en chantant. À Cracovie et à Wadowice, sa ville natale, les lieux fréquentés par Karol Wojtyla sont envahis. Les autorités communistes ne peuvent que se rendre à l'évidence et se joindre au concert de félicitations et d'hommages. Un télégramme est envoyé au nouveau pape et certaines restrictions concernant les voyages à l'étranger sont levées. Des milliers de Polonais pourront se rendre à Rome pour l'intronisation du cardinal Wojtyla.

Depuis son ascension au poste de cardinal, Karol Wojtyla jouit d'une très grande renommée en Pologne, malgré le fait qu'il soit considéré comme un ennemi implacable du communisme. Il faut dire que ses talents d'orateur et sa réputation d'intellectuel, ainsi que sa grande popularité auprès des jeunes, ne sont pas sans déranger les autorités polonaises de l'époque.

Toutefois, au début de son cardinalat, ces mêmes autorités ne le voient pas comme un ennemi du communisme; elles croient au contraire que ce nouveau cardinal viendra contrebalancer l'influence par trop conservatrice du primat de Pologne et cardinal de Varsovie, Monseigneur Wyszinski. Les autorités cherchent même à profiter des rumeurs de dissensions entre les deux hommes. Lorsque des invités étrangers sont en visite officielle en Pologne, ce n"est pas chez le cardinal Wyszinski qu'on les conduit, comme le voudrait la préséance hiérarchique, mais bien chez le cardinal Wojtyla qui, en fin diplomate, s'arrange toujours pour ne pas être disponible afin de ne pas lui nuire, ou encore se donne un rôle d'accompagnateur au palais épiscopal du primat. Karol Wojtyla est conscient de ces nombreuses tentatives de manipulation, mais fait toujours preuve d'une grande loyauté envers son supérieur.

Malgré cette préférence marquée pour le jeune cardinal, les autorités polonaises n'ont pas en lui une confiance aveugle. On connaît trop bien son esprit vif et sa faculté de s'adapter à toutes les circonstances. Mais on estime en haut lieu pouvoir mieux composer avec lui qu'avec le primat de Pologne. Karol Wojtyla évite ainsi les grands débats politiques laissés à la discrétion du cardinal Wyszinski, même si certains discours et conférences ne plaisent pas aux dirigeants politiques.

De plus en plus, les autorités communistes polonaises se montrent déçues de ce nouveau cardinal qui s'oppose énergiquement à certaines mesures officielles, comme l'interdiction de la procession de la Fête-Dieu, l'interdiction de la réouverture de la faculté de théologie de l'université de Cracovie, ou encore l'interdiction de construire de nouvelles églises. Mais la coupe déborde quand le cardinal Wojtyla se met à parler des droits de l'homme dans ses sermons et ses lettres pastorales, en plus de dénoncer le sort réservé aux dissidents, intellectuels et travailleurs. Pour le gouvernement polonais, il dépasse les bornes.

Plusieurs avertissements et mises en garde lui sont servies, et il devient la cible de nombreuses tracasseries et d'un harcèlement à peine déguisé. Quand il se rend à Rome, on l'arrête, le fouille à la frontière, lui retire même son passeport, et on garde ses valises pour des fouilles plus approfondies. Mais tout cela ne freine aucunement les ardeurs du cardinal Wojtyla. Il continue de plus belle à défendre les causes auxquelles il croit.

En 1967, aucun membre du clergé polonais ne participe au premier synode réuni par Paul VI. Les autorités gouvernementales refusant un passeport à deux des cinq hommes d'Église polonais invités à cette rencontre, les trois autres refusent le voyage en signe de protestation.

Au fil de son ascension dans la hiérarchie, l'archevêque devenu cardinal Wojtyla voyage beaucoup et tisse des liens étroits avec les dirigeants des Églises étrangères. De plus en plus, ses sermons suscitent des avis favorables. Les médias commencent aussi à s'intéresser à lui. Il découvre d'ailleurs l'importance des médias et leur pouvoir, mais aussi les contraintes que représentent différents auditoires. C'est sur les ondes de la Radio vaticane qu'il s'intéresse de plus près aux exigences des médias et adapte ainsi son message à la communication de masse.

En 1978, lors de son élection à la papauté, le cardinal Wojtyla devient le point de mire du monde entier. Des ragots et des rumeurs de toutes sortes courent alors à son sujet. On raconte qu'il a été fiancé, voire marié, et que l'assassinat de cette épouse l'aurait conduit à entrer en religion. On va même jusqu'à publier une photo de Karol Wojtyla en civil, femme et enfant au bras. Il s'agit bien entendu d'un montage vite dénoncé.