Ces dernières années, qui ont été marquées par la lutte contre le terrorisme et les guerres renforçant l'emprise du système mondial dominant, le pape multiplie les appels à la paix. En 2001, il se prononce clairement contre les offensives armées au Moyen-Orient: "Le fracas des armes doit être remplacé par la voix de la raison et de la conscience". L'attention sincère portée aux aspirations de tous les peuples et le respect scrupuleux du droit international sont les seuls moyens de ramener les parties à la table des négociations et de tracer un chemin de fraternité pour les populations.

Paul VI avait souhaité qu'une Journée mondiale de prière pour la paix soit célébrée le 1er janvier de chaque année. Faisait sien le voeu exprimé par son prédécesseur, Jean-Paul II consacre ce jour à la réflexion et à la prière pour la paix dans le monde. Le 2 janvier 2004, il reprend un de ses thèmes favoris et écrit: "Je m'adresse à vous, chefs des Nations, qui avez le devoir de promouvoir la paix. À vous, juristes, qui êtes engagés à tracer des chemins d'entente pacifique, en élaborant des conventions et des traités qui renforcent la légalité internationale. À vous, Éducateurs de la jeunesse, qui travaillez inlassablement sur tous les continents pour former les consciences au chemin de la compréhension et du dialogue. Et je m'adresse à vous aussi, hommes et femmes qui êtes tentés de recourir aux moyens inacceptables du terrorisme, compromettant ainsi à sa racine la cause pour laquelle vous combattez". Il insiste par ailleurs sur le devoir de paix qui doit être obéi par tous.

Malade et fatigué, le Saint Père met un terme à ses longs voyages évangélisateurs dans le monde. Pendant 27 ans de son pontificat, il aura effectué 153 voyages à toutes les latitudes, et parcourus plus d'un million de kilomètres. Refusant de prendre une retraite bien méritée, il poursuit sa mission, cette fois en écrivant beaucoup de lettres et d'encycliques.

À l'occasion du 150ème anniversaire de la proclamation du dogme de l'Immaculé Conception, le pape voyageur fait fi de l'exhortation de ses médecins. Il reprend son bâton de pèlerin et va à Lourdes les 14 et 15 août, 21 ans après sa visite d'août 1983. Il répond ainsi favorablement à l'invitation faite officiellement par le président de la conférence des évêques de France, Mgr Jean-Pierre Ricard, et par l'évêque de Tarbes et de Lourdes, Mgr Jacques Perrier.

À Lourdes, le Saint-Père rappelle son culte de la Vierge Marie (Totus tuus, soit tout à toi, telle est sa devise), plus particulièrement de la Vierge noire de Czestochowa et, accessoirement, de celle de Fatima. On se rappelle que cette dernière aurait détourné la balle qui le visait lorsqu'il a été victime d'un attentat le 13 mai 1981.

De Gastelgandolfo, le 20 septembre 2004, le souverain pontife adresse un message aux participants des Semaines sociales de France qui ont pour thème "L'Europe, une société à inventer". "Puisse votre réflexion contribuer à relever les nombreux défis que représente la construction de l'Europe et oeuvrer à des relations internationales où l'homme a toute sa place". Intéressé à prendre part aux débats politiques de l'heure, le pape ne délaisse visiblement pas son rôle de diplomate.

Le 16 octobre 2004, le pape entre dans la 27è année de son pontificat. Il reçoit à cette occasion de nombreux messages de félicitations, en particulier des pays musulmans, en raison de "sa détermination contre la guerre en Irak". Ce soir-là, le choeur de l'Armée rouge donne un concert au Vatican devant le Saint-Homme et 6,000 personnes.

Le 17 octobre, depuis la basilique vaticane, Jean-Paul II procède à l'ouverture de l'Année de l'Eucharistie, "mystère de lumière dans ce millénaire". Il ne demande rien d'extraordinaire aux foules massées devant sa fenêtre, sinon, "une intériorité profonde". Il publie sa lettre apostolique Mane nobiscum, Domine (Reste avec nous, Seigneur!), demande aux diocèses un acte de foi public dans le Christ présent dans l'Eucharistie, et dénonce la violence, le terrorisme, la guerre et l'avortement.

En décembre 2004, après la publication du tome 2 de la biographie qu'il vient de publier et qui couvre les 20 premières années de son pontificat, on comptabilise 356 ouvrages signés de sa plume et 279 livres livres inspirés par lui. L'immensité de son oeuvre, que ce soit relativement au nombre de ses voyages, à ses canonisations, à ses rencontres avec les chefs d'État ou à ses encycliques, lui a valu l'appellation affective de "pape des records".

À la suite d'une trachéotomie (intervention chirurgicale consistant à ouvrir la trachée pour permettre une respiration assistée) effectuée en mars 2005, le pape est privé de la parole. Il ne cesse pourtant pas de faire preuve de cette détermination qui lui a valu des millions d'admirateurs partout dans le monde. Quelques jours après son opération, il commence déjà à faire des exercices servant à rééduquer ses cordes vocales. Armé d'un petit tableau noir, il continue à communiquer, notamment pour élire certains évêques à des postes importants.